«Deltacron» : un variant recombinant de Delta et d’Omicron a-t-il vraiment été découvert ?

Plusieurs articles rapportent que des dizaines de « co-infections Omicron et Delta » auraient été recensées à Chypre. Les experts sont assez sceptiques et privilégient un mélange accidentel d’échantillons, comme cela se produit « assez souvent ».

Deltacron est-il un nouveau variant particulièrement diabolique ou un « scariant », c’est-à-dire un prétendu virus simplement là pour faire peur, selon le terme du scientifique américain Éric Topol ? Vraisemblablement la réponse 2, selon les experts. Mais cette combinaison de Delta et d’Omicron (d’où ce nom de « Deltacron ») fait beaucoup réagir depuis quelques jours.
 
Ce que vous avez peut-être lu ou entendu

Tout est parti d’articles dans la presse chypriote, en fin de semaine dernière. « Il existe actuellement des co-infections Omicron et Delta et nous avons trouvé cette souche qui est une combinaison des deux », a notamment indiqué à Sigma TV Leondios Kostrikis, professeur de sciences biologiques à l’Université de Chypre et chef du Laboratoire de biotechnologie et de virologie moléculaire, repris ensuite par l’agence Bloomberg. Le virus en question contiendrait à la fois des mutations de Delta, et d’autres d’Omicron. 25 cas de « Deltacron » au total ont été identifiés, dont 11 patients hospitalisés, selon le Cyprus Mail.

Les tests positifs en question ont été séquencés, c’est-à-dire que leur génome a été intégralement disséqué, puis ils ont été ajoutés sur la base internationale Gisaid.
 
Ce qu’en disent les experts

Les chercheurs qui y ont accès observent que ces prélèvements « ne se regroupent pas sur un arbre phylogénétique », selon Tom Peacock, virologue à l’Imperial College de Londres. Autrement dit, ils n’ont pas les mêmes liens de parenté. Il ne s’agirait donc pas d’un nouveau variant, mais plutôt d’une série de contaminations accidentelles à partir de différents échantillons d’Omicron.

L’explication pourrait venir d’une sorte de « mélange » entre plusieurs prélèvements en laboratoire. « Mélanger potentiellement de petites quantités (…) dans les laboratoires de séquençage – ce qui donne alors l’impression que le virus s’est mélangé en vie réelle – arrive assez souvent car de minuscules volumes peuvent entraîner ce problème », a indiqué Tom Peacock. Les 25 cas dont il est question pourraient ainsi avoir été séquencés le même jour au même endroit.

« L’analyse de Tom Peacock est très bonne. La distribution dans l’arbre de ces séquences est révélatrice, et ces problèmes de séquençage sont très fréquents, y compris avec Omicron », nous confirme Etienne Simon-Lorière, responsable de l’unité de génomique évolutive des virus à ARN à l’Institut Pasteur. Interrogé ce lundi matin sur RMC, le Pr Arnaud Fontanet a lui aussi « écarté » l’hypothèse d’un nouveau variant. Cependant, Leonidos Kostrikis a maintenu sa version dans un communiqué envoyé à Bloomberg dimanche soir.

En attendant d’y voir plus clair, l’émergence de véritables recombinants est quelque chose de tout à fait possible, depuis près d’un an. Cela peut survenir lorsque deux virus infectent la même cellule, et l’on se retrouve avec « le produit du croisement de deux virus parentaux », nous indiquait en mars dernier Vincent Maréchal, professeur de virologie à Sorbonne-Université. Un lignage recombinant entre les variants Alpha et Delta avait, par exemple, été identifié au Japon il y a quelques mois.

Le Parisien